İç kontrol; idarenin amaçlarına, belirlenmiş politikalara ve mevzuata uygun olarak faaliyetlerin etkili, ekonomik ve verimli bir şekilde yürütülmesini, varlık ve kaynakların korunmasını, muhasebe kayıtlarının doğru ve tam olarak tutulmasını, malî bilgi ve yönetim bilgisinin zamanında ve güvenilir olarak üretilmesini sağlamak üzere idare tarafından oluşturulan organizasyon, yöntem ve süreçle iç denetimi kapsayan malî ve diğer kontroller bütünüdür.  Görev ve yetkileri çerçevesinde, malî yönetim ve iç kontrol süreçlerine ilişkin standartlar ve yöntemler Maliye Bakanlığınca, iç denetime ilişkin standartlar ve yöntemler ise İç Denetim Koordinasyon Kurulu tarafından belirlenir, geliştirilir ve uyumlaştırılır. Bunlar ayrıca, sistemlerin koordinasyonunu sağlar ve kamu idarelerine rehberlik hizmeti verir.

Ön mali kontrol sonucunda uygun görüş verilmediği halde harcama yetkilileri tarafından gerçekleştirilen işlemler, harcama yetkililerince ilgili birime yazılı olarak bildirilir. Birim tarafından bu tür işlemlerin kayıtları tutulacak ve aylık dönemler itibariyle Rektörlük Makamına bildirilir. Söz konusu kayıtlar iç ve dış denetim sırasında denetçilere de sunulur.

Ön malî kontrol, harcama birimlerinde işlemlerin gerçekleştirilmesi aşamasında yapılan kontroller ile malî hizmetler birimi tarafından yapılan kontrolleri kapsar. Ön malî kontrol süreci, malî karar ve işlemlerin hazırlanması, yüklenmeye girişilmesi, iş ve işlemlerin gerçekleştirilmesi ve belgelendirilmesinden oluşur.

6245 sayılı Harcırah Kanununun 48. maddesi uyarınca İçişleri, Maliye ve Ulaştırma Bakanlıkları tarafından müştereken belirlenen esaslar çerçevesinde, seyahat kartı verilecek personel listesi, harcama birimlerinin teklifi üzerine Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı tarafından ilgili mevzuat ile Bakanlık tarafından yapılan düzenlemelere uygunluk ve bütçe ödeneğinin yeterliliği yönünden en geç üç işgünü içinde değerlendirilerek kontrol edilir. Uygun görülmeyen talepler aynı süre içinde gerekçeli bir yazıyla ilgili birime gönderilir.

Kadro dağılım cetvelleri, 190 sayılı Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ve Kadro İhdas, Serbest Bırakma ve Kadro Değişikliği ile Kadroların Kullanım Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik hükümleri çerçevesinde, Bakanlık ve Devlet Personel Başkanlığı ile uygunluk sağlandıktan sonra gönderilen cetveller Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı İç Kontrol ve Ön Mali Kontrol Şube Müdürlüğünce en geç beş iş günü içinde kontrol edilir.

Harcama birimlerinde çalıştırılacak geçici işçi pozisyon sayılarının (adam/ay) aylar itibariyle dağılımının Maliye Bakanlığınca vizesi yapıldıktan sonra birimler itibariyle dağılımı gösteren cetveller kontrole tabidir. Geçici işçi pozisyonları Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı İç Kontrol ve Ön Mali Kontrol Şube Müdürlüğünce en geç beş işgünü içinde kontrol edilir. Kontrol sonucunda uygun görülmeyen cetveller aynı süre içinde gerekçeli bir yazıyla ilgili birime gönderilir.